농협의 자산규모는 2006년 말 기준으로 230조원에 육박하고 있다. 국내 최대 금융기관중 한곳인 국민은행의 200조원보다 30조원 가량이 더 많다. 현재 조합원 농민수는 240만 명으로 우리나라 전체 농가인구수가 330만 명이고 농가호수가 100만 호인 것을 감안하면 최소 농가 호당 평균 2명이 농협의 조합원인 셈이다. 이들 농민들은 현재 999개의 읍면단위 지역농협이나 120개 지역축협과 과수, 화훼, 양돈, 양계와 같은 82개 품목 업종조합의 조합원으로 참여하고 있다. 이들 1,200여개 회원조합이 출자해 설립한 이들의 연합체인 농협중앙회는 중앙회와 그 산하에 시도지역본부 16개, 시군지부 156개, 자회사 24개를 포함한 경제사업장 78개소, 금융점포 1000여개, 여수신 규모 500조, 당기순이익 1조원을 기록하고 있다. 임직원수는 7만2천명으로 전국 지방자치단체 금고의 70%를 유치하고 연간 26조원의 정책자금을 푸는 창구역할도 하고 있다.
농협중앙회 정관에 따르면 농협중앙회장은 회원과 그 조합원의 귄익증진을 위한 대외활동과 사업계획 및 자금계획의 수립 등으로 돼 있다. 특히 2005년 형식상의 농협 개혁을 통해 상근에서 명예직인 비상근으로 바뀌었으나 농협중앙회 각 부문 대표와 자회사 사장 인사권을 쥐고 있다. 4년 임기에 연임 제한도 없다. 이로인해 정대근 전 회장도 1999년 취임후 2000년 통합 농협 초대 회장과 2004년 연임에 성공하는 등 8년간 회장직을 맡기도 했다. 연봉의 경우 지난 2001년 2억2천만원에서 2002년 연봉인상과 함께 성과급 신설, 별도의 업무추진비 등으로 인해 연간 6억3천5백만원을 챙긴 것으로 나타났다. 최근 4년간 평균 45%의 급여 인상을 계산할 경우 연간 8억원 가량을 연봉 등이란 명목으로 가져갈 수 있으며 이와는 별도로 경영수당까지 합친다면 중앙회장 임기중 한몫 단단히 챙긴다는 계산이 나올수 있다. 뿐 만 아니라 일선 조합장까지 자기 사람을 내세워 중앙회장의 바람막이로 활용한다는 것이다.
정부는 여기에다 2004년부터 10년간 119조원을 농촌에 투입하고 있으며 이런 정책자금의 상당부분이 농협을 통해 나간다는 사실로 인해 농협중앙회와 지역농협 임직원이 고객 돈을 횡령 유용하다 적발된 규모가 7백억원을 넘기기도 했다.
농협 관계자는 “농협이 조합원에게 무한 봉사하는 조직이 되고 운영될 수 있도록 농협의 운영과 지배구조에 대한 전면적인 개편이 이뤄져야 한다”며“조합장 직선제와 중앙회장의 권한 축소 등이 검토돼야 할 것”이라고 말했다.