서울행정법원 행정12부(부장판사 장상균)는 서울대 총장(정운찬)을 상대로 제기한 황우석 박사의 파면처분 취소 청구소송에서 "서조위의 조사보고서가 조작되었다고 할지라도 징계절차(?)가 아니기 때문에 서울대의 징계재량권 범위를 벗어나지 않았다"라는 취지로 원고 패소 판결을 내렸다.

연구의혹과 관련 2006년 4월 교수직 자격이 박탈당하자 황박사는 파면결정에 대해 교육인적자원부에 소청 심사를 청구했으나 기각되었으며,변호인은 "징계위원회가 증거 적격성을 갖추지 못한 조사위원회의 보고서를 기준으로 징계혐의와 사유를 해석, 파면에 해당하는 것으로 잘못 판단했다"고 주장하면서 2006년 11월 행정소송을 냈던 판결이다.

재판부는 원고측이 "서울대조사위의 조사에서 보고서를 조작하는 등 근본적인 문제가 있을 뿐 아니라,교육공무원 징계령을 위반하는등 중대한 절차상위 하자가 있다"라고 주장했으며,"실제,동경대학교의 유사사례와 비교해서 지나치게 빠른 결정과 최대한 정확성을 가지는지 여부 그리고 원고의 의견 진술 기회의 제한 주장등은 공감이 간다"라고 말했다.

그러나 재판부는 법리적인 측면에서 본다면,피고측의 주장인 "서조위의 조사절차는 징계절차가 아니라 징계의결을 요구하기에 앞서 피고가 필요에 의해 마련된 임의적인 절차에 불과하므로 서조위의 절차에 어떤 하자가 있다고 하여 곧바로 징계절차나 징계처분이 위법한 것이 아니다"라고 석연치 않는 판결 이유를 밝혔다.

덧붙여,"원고측이 주장하는 서조위보고서의 문제점이 서조위 징계흐름을 뒤집을 만한 커다란 하자가 있는 것이 아니다"라면서 "사건의 충격과 사안의 중대성을 감안하면,조사 결과를 빨리 냈어야 하며, 조사범위가 매우 제한적인 것이다"라면서 "서조위가 실시한 26일의 조사기간은 정당하며,위원들의 면면을 살펴본다면 전문성이 결여되었다고 보기 어렵다"라고 피고측 주장을 그대로 받아들였다.

또한,"서조위는 징계의 전단계 조사이며 연구성과를 평가하는 것도 아니기 때문에,조사과정에서 연구성과를 재연할 기회를 부여할 의무가 없다"라고 서조위에 대한 입장을 대변한듯한 판시 이유를 제시했다.

서조위보고서가 조작되었다는 명백한 사실을 인정할 수 밖에 없었다.재판부는 "원본보고서와 다른 보고서가 징계위원회에 제출되었다는 부분이 문제점이며,일부를 수정한 새로운 보고서를 만들어서 징계위원회에 제출한 것은 사실이다"라고 인정하면서도 "피고가 보는 중요한 부분에 대한 동일성을 해치지 않는 부분에 대해서 일부 수정을 가한 것이다"라면서 "징계 절차 그 자체는 유효하다"라면서 조작사실에 대한 면죄부를 주는 듯한 발언이 이어졌다.

덧붙여,"교육공무원 징계령을 근거로 서조위에서 조사한 모든 증거물을 제출할 의무가 없다"라면서 "관련증거의 미제출로 인한 위험은 징계사유 입증 책임이 있는 피고가 부담해야 한다"라면서 서조위를 옹호했다.

서조위보고서에 나타난 항목별 증거물 목록이나,일부 특이사항 그리고 결론 부분의 중요한 내용의 삭제행위는 징계사유가 아니라면서 "2004년과 2005년 논문에 나타난 각종 실험 결과에 대한 허위 내용에 대한 것이다"라면서 논문의 제1저자인 황우석박사에게 책임이 있으며 원고에게 방어권을 행사하는데 장애가 있는 것은 아니라는 취지의 판시가 이어졌다.

행정재판부는 1심 판결을 인용하여 "NT-1 줄기세포에 관한 유전자 조작을 지시하지 않았고,김선종등에 위해 조작된 사실을 논문작성까지도 알지 못했다"라면서 원고가 피해자라는 사실을 인정했지만,"징계사유는 유전자 자분석위 조작에 가담한 것을 문제 삼은 것이 아니라,조작된 데이타가 통용되도록하는 관리.감독의 책임을 묻는 성격이 강하다"라고 말했다.

2005년 논문에 대해 환자맞춤형 줄기세포주로 추정한 줄기세포는 2개이며,김선종의 섞어심기로 인해 실제로는 줄기세포주가 하나도 존재하지 않았다는 서울대의 주장은 모순이 아니라면서,원고측이 애기한 "NT-9번과 12번을 제외한 나머지에서 콜로니가 생성된 것을 줄기세포로 인정해야 한다"라는 주장을 받아 들이 않았다.

덧붙여,NT-2,3번은 배양중에 있었으며,NT-4~7번은 줄기세포로 사멸했으며,NT-8,10,11번은 3월 9일에 형성된 사실과 NT-8,10,11번에 대해 새로운 검사를 실시하지 않은 점 그리고 NT-9,12번은 콜로니도 생성되지 않았다는 점을 설명하면서, "김선종에 속은 부분이 있다는 사정이 인정된다고 하더라도 징계사유가 존재한다"라고 말했다.

1심 공판 내용을 토대로 "각종 검사의 조작을 구체적으로 지시하지는 아니하고 조작에 대한 검사결과를 직접 작성하지는 아니하였다고 하더라도,연구 총괄책임자로서 여러 허위의 내용을 기재한 책임이 있다"라는 취지의 설명이 이어졌다.

난자 부분에 관련해서,"징계사유는 논문의 포괄적인 허위 사실에 대한 것이며,징계의결을 요구할 당시 원고에게 송부한 수정보고서에도 언급한 점과 난자 취득 과정이 논문의 내용과 다른 사실이 대해 소명할 기회를 주었다"라고 설명했다.

마지막으로,중징계를 내릴 만한 사안여부에 대한 판단을 두고 재판부도 고심을 했다고 하면서 "경위야 어찌되었던 논문에 문제가 있었다는 것은 사실이다"라면서 "원고에게 축적된 연구경험이 있고,서울대에서 활용할 수 없다고 보는 것은 국가적인 큰 손실이다"라고 언급했다.

그러나,"초등학생에서 대통령에 이르기까지 온 국민의 기대와 추앙을 한 몸에 받았기 때문에,우리국민들은 존경받는 직위의 사람에게는 높은 윤리적 기준을 지키도록 요구하고 있다"라면서 "다른 연구원의 조작행위로 비롯되었다고 하나,학문적 공적이 뛰어나고 연구역량을 감안할때 인류에 공헌할 수 있는 연구성과가 기대된다"라고 평가하면서도 "국립 서울대 교수직에서 그대로 둘 수 없다고 판단한 것이 징계재량권을 벗어나기 어렵다"라고 기각 사유을 밝혔다.

판결이 끝난 직후,행정 법원 앞에서는 격양된 법원 참관자의 성토가 이어졌다.한 중년 여성은 "정운찬 전총장은 서조의 조작사실을 국민앞에 사과하라"라고 구호를 외쳤으며,다른 중년 남성은 정운찬 전총장이 총리로 재직하고 있기 때문에 왜곡된 판결이 나왔다고 하면서 "법보다 정운찬 총리가 위인가"라면서 목청을 높여 불만을 표출했다.

한 지지자는 "논문조작과 연구방해의 피해자이면서도 논문조작이라는 결과물에 집착하여 높은 윤리를 이유로 교수직까지 박탈한 것은 정당하고,정작 서울대조사위의 보고서는 조작이라고 할지라도 재량권을 남용해도 적법한 것인가"라면서 씁쓸한 재판이자 황당한 판결이라고 방청소감을 밝혔으며,재판에 대한 논란이 거세질 것으로 보인다.

서울대조사위가 임의기구라서 징계절차의 문제도 없고 서조위보고서 조작에 대한 어떤 책임도 없다는 판결이 나와 논란이 되고 있다.지난 2006년 서울대조사위에서 노정혜 연구처장이 인터뷰에서 언급한 내용인 "(단순한 논문조작이 아닌)과학적 사실과 진위를 밝히는 진실성이다"라면서 "논문의 실험을 반복하는 재연기회를 부여할 것이다"라고 했으며,가자의 질문에 "잘못이 있다면 어디에서 누가 잘못이 있는지 진상조사가 임무의 하나다"라면서 공동연구의 실체에 대한 언급을 했던 사실과 재판장의 판단이 달라 논란의 대상으로 떠 오르고 있다.