1960년대부터 지정된 우리나라의 기존 해양보호구역은 새로운 시대 환경 요구에 따라 수정해야 한다는 목소리가 높다.
특히 해양에 대한 다양한 행위들이 충돌이 날 경우에 국가의 정책 조정 역할에 한계가 있음이 드러났다는 것.
민주통합당 박기춘 의원(남양주을)에 따르면 80년대까지는 해양에 대한 이용행위가 단순하여 수산 및 경관 위주였지만, 90년대 이후에는 다양한 이용행위가 발생하게 됐고, 그에 따라 개별법에 따른 보호 목적이 상충되는 경우가 발생해 정부 부처간 이견이 발생했다는 것이다.
예컨대, 갯벌의 경우 해양을 종합적으로 관리하는 국토해양부에서는 생태적 다양성을 고려해 습지보호지역으로 지정하고 있으나, 수산과 양식에 중점을 두는 농림수산식품부에서는 갯벌의 생물다양성보다는 어업적 이용행위에 가치를 두고 있다.
즉 같은 공간이지만 바라보는 시각이 정부 부처간 다르기 때문에 국가 정책 방향의 조정 역할이 필요하게 된 것이다.
즉, 같은 해양보호구역이라도 국토해양부, 환경부, 농림수산식품부, 문화재청이 각기 다른 법령을 토대로 관리하는 현재 상황이 극복되지 않는 한 국내 해양보호구역의 효율적 관리는 요원할 것이라는 것이 박 의원의 설명이다.
따라서 해양보호구역에 대한 통합적인 체계 구축과 관리시스템 개편이 시급하다고 박 의원은 주장했다.