진실·화해를위한과거사정리위원회(아래 진실화해위)는 1979년 10월 16일부터 10월 20일까지 부산·마산지역에서 유신체제에 저항하기 위해 시위에 참여한 학생과 시민들이 군인과 경찰의 진압 및 수사과정에서 불법구금 및 가혹행위 등을 당한 사실을 밝혀냈다.
진실화해위는 <육군고등군법회의 수사·공판기록> 등 관련자료와 당시 수사관, 현장 목격자, 신청인, 참고인들의 진술청취 및 현장조사를 통해 사건의 실제 여부와 피해자를 조사결과, 부마항쟁 당시 마산지역에서는 위수령이 발동된 1979년 10월 20일 낮 12시 이전부터 계엄군이 투입되었음을 확인했고, 이들에 의한 민간인 연행과 체포는 위법·부당한 공권력의 행사로 판단됐다.
사건 당시 연행된 시민과 학생들은 배후 및 방화, 시위참여 혐의에 대해 수사를 받는 과정에서 구타 등의 가혹행위를 당한 것으로 들어났다.
진실화해위는 당시 시위대가 사제소총을 사용했다는 등의 마산경찰서장의 기자회견 내용은 사실과 다르고 이 사건의 직접적인 가해기관은 부산·마산 지역의 계엄군과 경찰로 확인됐다.
진실화해위는 국가에 대해 부마항쟁 과정에서의 피해자를 확인하고, 피해자의 명예회복 및 피해 구제조치를 취할 것을 권고했다.